盆栽水生植物的细胞间隙特别发达，经常还发育有特殊的通气组织，以保证在植株的水下部分能有足够的氧气。水生植物的通气组织有开放式和封闭式两大类。莲等植物的通气组织属于开放式的，空气从叶片的气孔进入后能通过茎和叶的通气组织，从而进入地下茎和根部的气室。

盆栽水生植物一般是指能够长期在水中或水分饱和的土壤中正常生长的植物，如睡莲、满江红、水稻等。如若以在水中分布的状况来划分，可细分为出水植物、沉水植物、浮水植物三大类。如莲花、石花葵、荷花等。水生植物的品种很多，根据水生植物的生活方式，一般划分为：浮叶植物、漂浮植物、沉水植物以及挺水植物四大类。

盆栽水生植物的养殖应根据不同植物的种类和品种的习性进行种植。栽植水生植物有两种不同的技术：一是在池底砌筑栽植槽，铺上至少15厘米厚的培养土，将水生植物植入土中;二是将水生植物种在容器中，再将容器沉入水中。但是容器栽植水生植物再沉入水中的方法更受欢迎一些，因为它方便移动，例如北方冬季须把容器取出来收藏以防植物受严寒侵袭;在春季换土、加肥、分株的时候，作业也比较灵活省工，并且这种方法能保持池水的清澈，清理池底和换水也较方便。